W bliskim sąsiedztwie kościoła rzymsko-katolickiego, znajduje się świątynia obrządku wschodniego. Jak podał Ignacy Gilewski: „powstała ona z fundacji podczaszego litewskiego Aleksego Kmity Sudymontowicza w roku 1413 pod wezwaniem przenajświętszej Trójcy. Pierwotny budynek cerkwi był drewniany, obok niej stała drewniana dzwonnica”. Fundator nadał cerkwi ziemię, oraz „czterech poddanych ze wsi Boratyńca Ruskiego do pracy na tej ziemi, dziesięcinę ze wsi należących do parafii, wolne mliwo we młynach dworskich, beczkę żyta i beczkę pszenicy ze dworu, jezioro przy Bugu do połowy ryb, drzewo na opał z lasów dworskich.” Następni właściciele miasta zachowywali powyższe nadania.

Od 1596 roku wprowadzona została w życie unia kościoła obrządku wschodniego, z kościołem rzymskim. W 1795 roku, gdy Siemiatycze znalazły się pod zaborem pruskim, utworzona została diecezja supraślska, natomiast w 1805 roku miasto było już w zaborze rosyjskim i wówczas diecezję tę przyłączono do diecezji brzeskiej. Nastąpiły wtedy ważne wydarzenia dla kościoła wschodniego: w roku 1809 władze rosyjskie wydały zakaz przechodzenia wiernych z unii, czyli tzw. Unitów, do kościoła rzymskiego.

W 1828 roku, na żądanie rządu rosyjskiego, usunięto z cerkwi wyposażenia i obrzędy sprawowane tam przez duchowieństwo unijne, od 1839 roku wszystkich unitów przyłączono do cerkwi prawosławnej. Od tego momentu, wyznawcy kościoła wschodniego byli nazywani prawosławnymi.

Istniejący obecnie budynek cerkwi zaczęto wznosić w 1865 roku. Budowę obiektu ukończono w 1866 roku. Drewnianą cerkiew, jeszcze wówczas istniejącą, rozebrano.

Jak podaje Ignacy Gilewski, cerkiew siemiatycka w końcu XIX wieku i na początku XX, korzystała z pomocy skarbu rosyjskiego a później z pomocy moskiewskiego bogacza szipowa i znanego mnicha, ojca Joanna Kronsztadskiego.

W roku 1905, gdy władze rosyjskie wydały ukaz tolerancyjny, pewna liczba parafian porzuciła cerkiew przystępując do kościoła rzymsko-katolickiego. „W roku 1915 znaczna liczba ludności prawosławnej z Siemiatycz ewakuowana została do Rosji i osiedliła się w Moskwie i okolicy.”

Wracając jeszcze do zagadnienia unitów, przytoczyć należy charakterystyczny opis sporządzony przez Wasila Siewiergina, przebywającego w Siemiatyczach w 1802 roku: „Gworia o Siemiatykach, nielzia nie upominaut mnie także o Uniejatach… Kak w Pruskoj, tak i w Rosijskoj czasti Polszi nazywajut oni siebie Rossijanami. Cerkwi ich sut obyknowienno biednyja, dierewiannyja… Pri siem primirtit dołżno czto biednyj prostyj narod bolszeju czastju Uniejaty, a bogatyje i dworianie sut cistyje Katoliki… Niet poczti sieła kak w Prusskoj, tak i w Rossijskoj Polsze, gdie nie było Uniejatskoj cerkwi.”

Cerkiew prawosławna, pod wezwaniem Narodzenia Matki Bożej i świętego Piotra i Pawła, usytuowana jest w północnej części miasta, na wzgórzu znajdującym się na widłach ulic Zagumiennej i B. Głowackiego.

Plac i cmentarz przycerkiewny ogrodzone są murem, w nim, od południa znajduje się brama wejściowa, trójdzielna, zwieńczona trójkątnym szczytem. Cerkiew jest budowlą orientowaną, murowaną i malowaną na biały kolor. Składa się z szeregu lokalności o różnych rozmiarach i wysokościach. Nawa główna posiada plan prostokąta i przykryta jest drewnianą kolebką; od wschodu przylega do niej prostokątna część kapłańska z półkolistą absydą i dwoma pomieszczeniami po bokach. Od strony zachodniej do nawy głównej przylega duża prostokątna sień z wejściem na osi budowli.

Elewacje poszczególnych członków cerkwi, podzielone są pilastrami, wnękami i ozdobnymi łuczkami. Nad sienią umieszczona jest ośmioboczna, jednokondygnacjowa wieża, wystająca z czterospadowego, niskiego dachu, ozdobiona arkadowaniem i kokosznikami. Hełm posiada kształt ostrosłupa i przewiązkę i cebulastą kopułkę na szczycie. Nad nawą umieszczony jest dach namiotowy z wieżyczką o kopułce cebulastej; nad pozostałymi pomieszczeniami są dwuspadowe lub pulpitowe, wszystkie blaszane, pomalowane na kolor szary.

Cerkiew stanowi piękny akcent architektoniczny, zamykający perspektywę prowadzącej ku niej ulicy 1 Maja.

Fragment pracy magisterskiej Henryka Świerżewskiego „Zabytki Siemiatycz dowodem przeszłości miasta” 1983 r.