Zastosowanie tzw. efektywnych mikroorganizmów ma na celu poprawę jakości wody, uzyskanie dobrej przejrzystości, zlikwidowanie nieprzyjemnego zapachu i usunięcie nadmiaru osadu dennego. Ponadto użycie tego typu metody oczyszczania wody poprawia zdrowotność i ogólną kondycję ryb, zmniejsza częstotliwość występowania toksycznych glonów i sinic, poprawia warunki życia organizmów zamieszkujących zalewy oraz likwiduje deficyt tlenowy.

Jest to metoda całkowicie nieinwazyjna. Nie stosuje się w niej środków chemicznych i jest bezpieczna dla środowiska.