Metoda ta jest nieszkodliwa dla ludzi, zwierząt i środowiska. Zastosowanie EM-ów ogranicza zawartość związków biogennych (azotu i fosforu) w wodzie. W wyniku przeprowadzonych działań zaobserwowano znaczną poprawę jakości wody, zmniejszyła się ilość osadów dennych, woda uzyskała większą przejrzystość, w okresie letnim nie stwierdza się zakwitów sinic.